交通部水运司是交通部的下属单位，主要负责拟定水运基础设施建设、水路运输的行业政策、规章和技术标准；维护水路交通行业的平等竞争秩序；负责水运基础设施建设有关项目的管理；负责水运设施的维护和管理；负责水运规费稽征和国际国内水路运输、港口、船舶代理、外轮理货及其他水运服务业的管理；组织实施国家水路重点物资运输和紧急运输等工作。
